Deze website maakt gebruik van cookies. We gebruiken cookies om instellingen te onthouden en je bezoek soepeler te laten verlopen. Daarnaast gebruiken we ook cookies voor de verbetering van de website en het verzamelen en analyseren van statistieken. Lees meer over cookies

 

Holstege groep

Het onderzoeken van genexpressie is van groot belang om zowel gezonde als zieke cellulaire systemen te begrijpen. Onze groep vervult een internationaal erkende pioniersrol in het onderzoek naar transcriptieregulatie als systeem en slaagt er goed in diverse onderzoeksstrategieën zoals genomics, bioinformatica, genetica, celbiologie, biochemie en single-cell genomics te integreren. We verkrijgen hiermee fundamenteel inzicht in de moleculaire mechanismen van genregulatie, zoals de epigenetica, en hun rol in kanker. Maar ook kunnen we hiermee klinische vragen omtrent patiëntstratificatie en therapierespons beantwoorden.

PI: Prof.dr. Frank Holstege
Single-cell genomics:

“Kinderkanker stapsgewijs oplossen, cel voor cel.” Een grote ommekeer in de levenswetenschappen was de overgang, rond het jaar 2000, van het bestuderen van afzonderlijke genen, naar het bestuderen van alle genen tegelijk: genomics. We staan nu voor een nieuwe, minstens zo ingrijpende verandering, de overstap naar single-cell genomics. Waar voorheen alleen de gemiddelde genexpressie kon worden gemeten van honderdduizenden verschillende cellen tegelijk, meten we dat nu in cellen afzonderlijk. Deze nieuwe technieken zijn is van doorslaggevend belang in het kankeronderzoek omdat hiermee de tumorheterogeniteit en samenstelling van tumoren veel beter ontrafeld kan worden. We hebben samen met de groep van Alexander van Oudenaarden (Hubrecht Instituut) een kostenbesparende en robuuste manier van single-cell RNA sequencing opgezet, met de bijbehorende data analyses processen. De techniek wordt ingezet in een breed spectrum van onderzoeksvragen afkomstig uit een scala van pediatrische kankertypen. De vragen bestrijken diverse gebieden, zoals ontwikkelingsbiologie, het vaststellen van het celtype van de cell-of-origin van een tumor, de samenstelling van de micro-omgeving van tumoren, het identificeren van invasieve immuuncellen, het onderzoek naar de clonaliteit klonaliteit van tumoren en het voorspellen van de therapierespons van individuele patiënten. Onze single-cell RNA sequencing technologie en analyse zijn ook beschikbaar als faciliteit. Neem voor nadere informatie contact op met Thanasis Margaritis.

"Voorgaande ervaring in onze onderzoeksgebieden is niet van belang voor een geslaagde sollicitatie bij onze groep. Ambitie en uitblinken waar je passie ligt, is wel cruciaal." Prof.dr. Frank Holstege - PI
Wekedelentumoren:

Bij kinderen zijn wekedelentumoren naar verhouding slecht onderzocht, omdat ze een zeer diverse groep vormen waarvan elk subtype afzonderlijk zeldzaam is. Zoals bij veel andere tumortypen is de beschikbaarheid van geschikte modelsystemen een belangrijke beperkende factor in het onderzoek naar de tumorontwikkeling en nieuwe behandelingsmethoden. Wij concentreren ons op zogenaamde tumororganoïdetechnologie om genetisch stabiele tumoroïden te kweken. Dit zijn tumorcellen die rechtstreeks afkomstig zijn van tumoren en onder specifieke laboratoriumomstandigheden worden gekweekt. Dit is onder andere gelukt voor rhabdomyosarcoom. Protocollen voor een aantal andere wekedelentumoren zijn in ontwikkeling. De tumoroïden die we in cultuur hebben worden inmiddels gebruikt in drug screens en in genetische screens (CRISPR-Cas9) voor het vinden van genetische interacties en de oorzaken van therapieresistentie. De tumoroïden worden eveneens gebruikt voor het bestuderen van transcriptieregulatiemechanismen teneinde de primaire tumorigene doelwitten te vinden van oncogene transcriptie-, chromatine- en epigenetische factoren.

 

Cancer genomics van kinderkanker:

Een nog steeds groeiende verzameling van genomicsstechnieken helpt de moleculaire diagnose van kanker te verbeteren, hetgeen ook bijdraagt aan het onderzoek naar de oorzaken. In samenwerking met Moleculaire Pathologie (Bas Tops) en Bioinformatica (Patrick Kemmeren) zijn we bezig met het opzetten van een aantal standaard genomicstechnieken die toegepast zullen worden op elke patiënt die binnenkomt. Sommige van deze technieken behoren tot de routinediagnostiek. Andere zijn meer experimenteel en hiervoor zal geïnformeerde toestemming aan de patiënten gevraagd worden. Het gaat dan om volledige-genoomsequencing (whole genome sequencing, WGS), volledige-exoomsequencing (whole exome sequencing, WES), RNA sequencing en DNA-methylatie analyses. Deze technieken zullen een tijd naast elkaar en naast bestaande technieken geëvalueerd worden, waarna besloten zal worden óf en hóe ze verder zullen worden ingezet.

Centrale flowcytometriefaciliteit:

Flowcytometrie en fluorescentiegeactiveerde celsortering (FACS) zijn cruciaal voor veel onderzoeksprojecten. De FCCF (Flow Cytometry Core Facility) van het Prinses Máxima Centrum maakt state-of-the-art cytometrietechnieken beschikbaar voor alle onderzoeksprojecten die dat nodig hebben. Het huidige machinepark bestaat uit een Astrios EQ 23-kleurensorteerder, een Sony 6-kleurensorteerder, een Cytoflex LX 21-kleuren analyser, een Cytoflex S 13-kleuren analyser en een MacsQuant 8-kleuren analyser. Verschillende ondersteuningsniveaus en trainingen worden voor deze machines aangeboden. Neem voor nadere informatie contact op met Tomasz Poplonski.

 

 

Holstege groep