Deze website maakt gebruik van cookies. We gebruiken cookies om instellingen te onthouden en je bezoek soepeler te laten verlopen. Daarnaast gebruiken we ook cookies voor de verbetering van de website en het verzamelen en analyseren van statistieken. Lees meer over cookies

Alex Janse

Bioinformaticus
Alex Janse

Het gebruiksvriendelijk maken van Next Generation Sequencing data voor non-bioinformatici

Telefoon 088 97 25 188

Kinderkanker is gedreven door mutaties in het genoom. Hierdoor is het gebruik van Next Generation Sequencing (NGS) om tumor samples te karakteriseren toegenomen. Het is belangrijk dat onderzoekers toegang hebben tot deze grote hoeveelheid data en het kunnen begrijpen. Om dit voor elkaar te krijgen, gebruiken we Workflow Definition Language (WDL) pipelines geschreven die in staat zijn om output bestanden van de PMC Biobank NGS pipelines te kunnen verwerken tot bestanden die geüpload kunnen worden naar cBioPortal. cBioPortal is een web applicatie die instaat is NGS data te visualiseren en bevat onderdelen die gebruikt kunnen worden om deze data te analyseren en cohorten samen te stellen.

Naast dit project ben ik ook betrokken met het draaien van de NGS pipelines en als het nodig is deze te verbeteren.

Voor dat ik hier werkte ben ik geslaagd voor MLO microbiologie bij ROCMN Utrecht en met cum laude voor mijn bachelor Bio-informatica bij HAN Nijmegen.