Sinds het begin voorziet KiKa (Stichting Kinderen Kankervrij) het Prinses Máxima Centrum van basisfinanciering. Dit geeft de principal investigator een stabiele grond om op te bouwen.
Van 2017 tot en met 2019 draagt ook het Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) bij aan de financiering middels een projectsubsidie. Vanaf 2020 wordt deze tijdelijke bijdrage omgezet naar een structurele bijdrage voor de infrastructuur van de research vanuit de Beschikbaarheid bijdrage Academische Zorg (BBAZ).
Naast de basisfinanciering van KiKa en de bijdrage van VWS, zijn onze onderzoekers succesvol in het verkrijgen van externe beurzen.