Telefoon -
Samenwerking tussen de groepen Tytgat en Kemmeren
Als bioinformaticus werk ik nauw samen met mijn collega's om de afwijkingen gevonden in celvrij DNA (cfDNA) te bestuderen en te vergelijken met afwijkingen gevonden in tumor DNA. We passen bestaande WES-pipelines die korte varianten uit tumor-DNA detecteren aan op korte varianten uit circulerend tumor-DNA in cfDNA. Als wij overeenkomstige pipelines hebben voor vloeibare en tumorbiopten, kunnen wij per patiënt verschillende afwijkingen in tumor-DNA en cfDNA kruiselings controleren, met als doel cfDNA-biomarkers te vinden voor klinische doeleinden.
Wij onderzoeken ook het potentieel van cfDNA als biomarker voor nierkanker. Via celvrije sequencing met gereduceerde representatie bisulfieten (cfRRBS) analyseren wij het methyleringspatroon van de tumor om onderscheid te maken tussen tumortypes. Daartoe implementeren wij in onze groep een bestaande cfRRBS-pijplijn die methyleringspatronen detecteert en gebruikt om de in een monster aanwezige tumorentiteit te voorspellen.
Kortom, wij gebruiken vloeibare biopsieën om tumorheterogeniteit te bestuderen, de initiële diagnose te ondersteunen en te verbeteren, en de respons op therapie en vroege opsporing van terugval te evalueren.