Groepsleider: Dr. Patrick Kemmeren
Het onderzoek in de Kemmeren groep richt zich op het identificeren van de genetische interacties die betrokken zijn bij verschillende vormen van kinderkanker. We gaan hiervoor bekijken welke mutaties vaak gelijktijdig terug te vinden zijn in verschillende vormen van kinderkanker en welke elkaar juist uitsluiten. Vervolgens zullen we bestuderen welke processen hier vaak bij betrokken zijn en wat de invloed is van de genetische achtergrond van individuele patiënten. Ten slotte gebruiken we de kaart van genetische interacties om deze verder te bestuderen en modellen te maken van de onderliggende regelcircuits.
De Kemmeren groep maakt gebruik van deze zogenaamde “cancer genomics data” en probeert door de inzet van bioinformatica en systeembiologische benaderingen meer begrip te krijgen over het ontstaan en doorontwikkeling van kanker bij kinderen en ook de patiëntenzorg voor kinderen met kanker te verbeteren. Voorbeelden zijn het stimuleren van bioinformatica-onderzoek voor precisie-oncologie en diagnostiek, het verbeteren van de detectie en interpretatie van grotere DNA afwijkingen, het onderzoeken van de onderliggende regelcircuits die verklaren waarom bepaalde combinaties van DNA afwijkingen heel vaak of juist heel weinig voorkomen (zogenaamde genetische interacties) en stimuleren van data ontwikkelingen binnen het instituut. Binnen de groep is er een unieke combinatie van kennis op het gebied van bioinformatica, genetica en big data. Daarnaast hebben wij ook uitgebreide ervaring met het opzetten en coördineren van bioinformatica infrastructuren zoals rekenfaciliteiten, workflow management systemen en data management faciliteiten. Veel van deze zaken vallen samen onder de Big Data Core faciliteit die binnen de Kemmeren groep valt. Voor meer informatie, zie ook de Engelse website.
Nieuws:
- Eén enkele genetische test voor alle kinderen met kanker verbetert diagnose en behandeling
- Connecties tussen kinderkanker genen in kaart
Foto's & video's:
- De Nederlandse Comprehensive Childhood Cancer Commons (NL-4C): Een nationale bron voor de wereldwijde aanpak van kinderkanker - NWO (2023-2028) - News Article
- Oncode-PACT: the Preclinical Accelerator for Cancer Treatmerns (National Growth Fund) - Oncode-PACT (2023-2031) - News article
- Versneller voor gepersonaliseerde kinderkanker medicijnen- Adessium Stichting (2023-2028)
- Biobank 2.0: internationale samenwerking in de cloud - Adessium Stichting (2021-2023)
- Kinderoncologische biobank innovatie systeem - Adessium Stichting (2018-2021)
- Coöperatieve en wederzijds uitsluitende genetische veranderingen bij kinderkanker - KWF (2017-2021)
Trecode: A FAIR Eco-System for the Analysis and Archiving of Omics Data in a Combined Diagnostic and Research Setting. Kerstens HHD, Hehir-Kwa JY, van de Geer E, van Run C, Badloe S, Janse A, Baker-Hernandez J, de Vos S, van der Leest D, Verwiel ETP, Tops BBJ, Kemmeren P. BioMedInf. 2023 3(1), 1-16. DOI: 10.3390/biomedinformatics3010001
Molecular Characterization Reveals Subclasses of 1q Gain in Intermediate Risk Wilms Tumors.
van Belzen IAEM, van Tuil M, Badloe S, Strengman E, Janse A, Verwiel ETP, van der Leest DFM, de Vos S, Baker-Hernandez J, Groenendijk A, de Krijger R, Kerstens HHD, Drost J, van den Heuvel-Eibrink MM, Tops BBJ, Holstege FCP, Kemmeren P, Hehir-Kwa JY. Cancers (Basel). 2022 Oct 5; 14(19):4872. DOI: 10.3390/cancers14194872
Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing. Hehir-Kwa JY, Koudijs MJ, Verwiel ETP, Kester LA, van Tuil M, Strengman E, Buijs A, Kranendonk MEG, Hiemcke-Jiwa LS, de Haas V, van de Geer E, de Leng W, van der Lugt J, Lijnzaad P, Holstege FCP, Kemmeren P, Tops BBJ. JCO Precis Oncol. 2022 Jan;6:e2000504. DOI: 10.1200/PO.20.00504
A systematic analysis of genetic interactions and their underlying biology in childhood cancer. Daub JT, Amini S, Kersjes DJE, Ma X, Jäger N, Zhang J, Pfister SM, Holstege FCP, Kemmeren P. Commun Biol. 2021 Oct 6;4(1):1139. DOI: 10.1038/s42003-021-02647-4
The ability of transcription factors to differentially regulate gene expression is a crucial component of the mechanism underlying inversion, a frequently observed genetic interaction pattern. Amini S, Jacobsen A, Ivanova O, Lijnzaad P, Heringa J, Holstege FCP, Feenstra KA, Kemmeren P. PLoS Comput Biol. 2019 May 13;15(5):e1007061. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007061
A high-resolution gene expression atlas of epistasis between gene-specific transcription factors exposes potential mechanisms for genetic interactions. Sameith K, Amini S, Groot Koerkamp MJ, van Leenen D, Brok M, Brabers N, Lijnzaad P, van Hooff SR, Benschop JJ, Lenstra TL, Apweiler E, van Wageningen S, Snel B, Holstege FC, Kemmeren P. BMC Biology. 2015 Dec 23;13(1):112. DOI: 10.1186/s12915-015-0222-5
Large-scale genetic perturbations reveal regulatory networks and an abundance of gene-specific repressors. Kemmeren P, Sameith K, Pasch LA van de, Benschop JJ, Lenstra TL, Margaritis T, O'Duibhir E, Apweiler E, Wageningen S van, Ko CW, Heesch S van, Kashani MM, Ampatziadis-Michailidis G, Brok MO, Brabers NA, Miles AJ, Bouwmeester D, Hooff SR van, Bakel H van, Sluiters E, Bakker LV, Snel B, Lijnzaad P, Leenen D van, Groot Koerkamp MJ, Holstege FC Cell. 2014 Apr 24;157(3):740-52. DOI: 10.1016/j.cell.2014.02.054
