Deze website maakt gebruik van cookies. We gebruiken cookies om instellingen te onthouden en je bezoek soepeler te laten verlopen. Daarnaast gebruiken we ook cookies voor de verbetering van de website en het verzamelen en analyseren van statistieken. Lees meer over cookies

Leron Kok

PhD student

Voorspelling van tumorspecifieke neoantigenen uit Ribo-Seq gegevens


Samenwerking tussen Tytgat en van Heesch
groepen

Voor mijn project bestuderen we circulaire RNAs (circRNAs) in kinderkankers. CircRNAs zijn over het algemeen stabieler dan hun lineaire tegenhangers, waardoor het waarschijnlijk is dat ze als biomarker kunnen fungeren. Wij onderzoeken of circRNAs kunnen functioneren als biomarker voor kinderkanker, in het bijzonder neuroblastoom. Deze circRNAs zouden dan gebruikt kunnen worden voor diagnostiek of ziektebewaking. We hebben een pipeline geïmplementeerd om te detecteren welke circRNAs aanwezig zijn in de tumoren van patiënten, met behulp van eerder gegenereerde totale RNA-seq data. Na het filteren op neuroblastoom-specifieke circRNAs zullen we ook bepalen welke van deze circRNAs detecteerbaar zijn in bloedplasma. Dit zal hopelijk leiden tot een reeks circRNAs die kunnen worden gebruikt als biomarkers voor neuroblastoom voor diagnostiek en ziektebewaking.

  • What can Ribo-seq and proteomics tell us about the non-canonical proteome?

    • mei 2023
    • John R, Prensner, et al
    • bioRxiv
  • What Can Ribo-Seq, Immunopeptidomics, and Proteomics Tell Us About the Noncanonical Proteome?

    • jan. 2023
    • John R, Prensner, et al
    • Molecular & cellular proteomics : MCP
Bekijk alle publicaties