Groepsleider: Sebastiaan van Heesch
Identificatie en karakterisering van nieuwe micro-eiwitten
'Om kanker te bestrijden, stellen we een gepersonaliseerde inventaris op van alle fouten die een kankercel maakt tijdens eiwitproductie. Vervolgens zetten we deze tumor-specifieke fouten in tegen de tumor door middel van gerichte immunotherapieën.'
Verkenning van het tumor-specifieke translatoom voor immunotherapie
Immunotherapie heeft de behandeling van kanker bij volwassenen gerevolutioneerd, maar de toepassing ervan bij kinderkanker is nog steeds zeer beperkt. Als onderdeel van de bredere strategie van het Prinses Máxima Centrum om immuuntherapie-opties te ontwikkelen voor pediatrische kankerpatiënten, streeft de Van Heesch Groep ernaar pediatrische tumor-specifieke antigenen te identificeren die vervolgens kunnen worden aangevallen met immunotherapie.
Om de beste doelwitten te vinden, maken we gebruik van een gecombineerde strategie om het genoom (DNA), transcriptoom (RNA) en translatoom (eiwitproductie) af te lezen uit zowel tumorweefsel alsook patiëntafgeleide celculturen, inclusief organoïden. Het doel is het in kaart brengen van zowel patiënt-specifieke alsook gedeelde tumor-specifieke antigenen te vinden, deze vervolgens te detecteren met HLA-I-immunopeptidomica en vervolgens cellulaire therapieën en vaccins tegen hen te ontwerpen.
Onze groep is actief betrokken bij Oncode Accelerator, een landelijke samenwerking mogelijk gemaakt door het Nationaal Groeifonds, waarin we mede-kartrekker zijn van de werkgroep Therapeutische Vaccins.
Vanaf januari 2024 is onze groep geselecteerd om deel uit te maken van het Oncode Institute.
Mogelijkheden voor stages en andere openstaande posities worden altijd geplaatst op de vacaturewebsite van het Máxima. Wij accepteren alleen kandidaten die hebben gesolliciteerd op openbare vacatures op het vacatureportaal van Máxima. Solliciteer alstublieft via het portaal en niet via e-mail.
NB: Al onze stageposities zijn momenteel bezet; reacties op stageverzoeken kunnen langer op zich laten wachten.
Beurzen
- Benoeming tot Junior Oncode Investigator (2024-2028) - Nieuwsbericht
- Evolutionair jonge eiwitten in hersenkanker bij kinderen - NWO vidi beurs (2023-2028) - Nieuwsbericht
- Functionele karakterisering van neuroblastoom-specifieke microproteïnen met immunotherapeutisch potentieel - CoFund Butterfly en Villa joep (2023 - 2027)
- Van tumorspecifiek eiwit tot immunogeen doelwit (met Nierkens groep) - Stichting Reggeborgh (2023-2027)
- Terugkerende Ewing Sarcoma-specifieke neoproteïnen als doelwitten voor immunotherapie (met Olivier Delattre & Joshua Waterfall (Institut Curie) en Thomas Grünewald (DKFZ/KiTZ)) - Fight Kids Cancer / European Science Foundation (2023-2025)
- Oncode-PACT: de preklinische versneller voor kankerbehandelingen (Nationaal groeifonds) - Oncode-PACT (2023 - 2031) - Nieuwsbericht
- Acute myeloïde leukemie-specifieke eiwitten als potentiële doelwitten voor immunotherapie (met Heidenreich groep) - KiKa pilot beurs (2022 - 2023)
- De rol van niet eerder ontdekte microproteïnen bij kanker bij kinderen - Bergh in het Zadel (2021 - eenmalige donatie)
- Ontwikkeling van nieuwe immuuntherapieën voor kinderen met kanker - Stichting Reggeborgh (2021-2023)
- Krachten bundelen om T-cel immuniteit te activeren tegen hoog-risico neuroblastoom (met Nierkens groep en Molenaar groep) - Villa Joep (2021 - 2025) - Nieuwsbericht
- Kankerimmunotherapie bij kinderen: Een geïntegreerd programma met meerdere parameters (met Nierkens groep) - FOCA (2020-2024)
Twinning program KiTZ
Ontleden en targeten van evolutionair jonge microproteïnen in Ewing-sarcoom- met T. Grünewald (KiTZ) en Merks groep (2022 - 2023)
Nieuwsbericht
Prinses Máxima Centrum Foundation
Via de Prinses Máxima Centrum Foundation worden regelmatig donaties ontvangen. Met dankbaarheid besteedt de van Heesch groep deze donaties aan onderzoek naar microproteïnen en het vinden van immunotherapie doelwitten.
$Gedeeld eerste auteur
*Corresponderende / senior auteur
Volledige publicatielijst op Google Scholar
Deutsch EW$, Kok LW$, Mudge JM$, Ruiz-Orera J, Fierro-Monti I, Sun Z, Abelin JG, Alba MM, Aspden JL, Bazzini AA, Bruford EA, Brunet MA, Calviello L, Carr SA, Carvunis AR, Chothani S, Clauwaert J, Dean K, Faridi P, Frankish A, Hubner N, Ingolia NT, Magrane M, Martin MJ, Martinez TF, Menschaert G, Ohler U, Orchard S, Rackham O, Roucou X, Slavoff SA, Valen E, Wacholder A, Weissman JS, Wu W, Xie Z, Choudhary J, Bassani-Sternberg M, Vizcaíno JA, Ternette N, Moritz RL*, Prensner JR* & van Heesch, S*. High-quality peptide evidence for annotating non-canonical open reading frames as human proteins. bioRxiv (2024) 2024.09.09.612016. doi: https://doi.org/10.1101/2024.09.09.612016
Ruiz-Orera J$, Miller DC$, Greiner J, Genehr C, Grammatikaki A, Blachut S, Mbebi J, Patone G, Myronova A, Adami E, Dewani N, Liang N, Hummel O, Muecke MB, Hildebrandt TB, Fritsch G, Schrade L, Zimmermann WH, Kondova I, Diecke S*, van Heesch S*, Hübner N*. Evolution of translational control and the emergence of genes and open reading frames in human and non-human primate hearts. Nature Cardiovascular Research (2024) Sep 24. doi: https://doi.org/10.1038/s44161-024-00544-7. PMID: 39317836. In the press.
Hofman DA$, Ruiz-Orera J$, Yannuzzi I, Murugesan R, Brown A, Clauser KR, Condurat AL, van Dinter JT, Engels SAG, Goodale A, van der Lugt J, Abid T, Wang L, Zhou KN, Vogelzang J, Ligon KL, Phoenix TN, Roth JA, Root DE, Hubner N, Golub TR, Bandopadhayay P, van Heesch S*, Prensner JR*. Translation of non-canonical open reading frames as a cancer cell survival mechanism in childhood medulloblastoma. Molecular Cell (2024). doi: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2023.12.003. PMID: 38176414. In the press. Preview/commentary of this publication
Prensner JR, Abelin JG, Kok LW, Clauser KR, Mudge JM, Ruiz-Orera J, Bassani-Sternberg M, Deutsch EW, van Heesch S. What can Ribo-seq, immunopeptidomics, and proteomics tell us about the non-canonical proteome? Molecular Cellular Proteomics. (2023) Aug 10:100631. doi: https://doi.org/10.1016/j.mcpro.2023.100631. PMID: 37572790.
Sandmann CL$, Schulz JF$, Ruiz-Orera J$, Kirchner M, Ziehm M, Adami E, Marczenke M, Christ A, Liebe N, Greiner J, Schoenenberger A, Muecke MB, Liang N, Moritz RL, Sun Z, Deutsch EW, Gotthardt M, Mudge JM, Prensner JR, Willnow TE, Mertins P, van Heesch S*, Hubner N*. Evolutionary origins and interactomes of human, young microproteins and small peptides translated from short open reading frames. Molecular Cell (2023) Mar 16;83(6):994-1011.e18. doi: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2023.01.023. PMID: 36806354
In the press
Broeils LA, Ruiz-Orera J, Snel B, Hubner N, van Heesch S*. Evolution and implications of de novo genes in humans. Nature Ecology & Evolution (2023) Mar 16. doi: https://doi.org/10.1038/s41559-023-02014-y. PMID: 36928843.
Mudge JM*, Ruiz-Orera J*, Prensner JR*, Brunet MA, Calvet F, Jungreis I, Gonzalez JM, Magrane M, Martinez TF, Schulz JF, Yang YT, Albà MM, Aspden JL, Baranov PV, Bazzini AA, Bruford E, Martin MJ, Calviello L, Carvunis AR, Chen J, Couso JP, Deutsch EW, Flicek P, Frankish A, Gerstein M, Hubner N, Ingolia NT, Kellis M, Menschaert G, Moritz RL, Ohler U, Roucou X, Saghatelian A, Weissman JS, van Heesch S*. Standardized annotation of translated open reading frames. Nature Biotechnology (2022) Jul;40(7):994-999. https://doi.org/10.1038/s41587-022-01369-0. PMID: 35831657. Featured in Science (2022).
van Heesch S*, Witte F, Schneider-Lunitz V, Schulz JF, Adami E, Faber AB, Kirchner M, Maatz H, Blachut S, Sandmann CL, Kanda M, Worth CL, Schafer S, Calviello L, Merriott R, Patone G, Hummel O, Wyler E, Obermayer B, Mücke MB, Lindberg EL, Trnka F, Memczak S, Schilling M, Felkin LE, Barton PJR, Quaife NM, Vanezis K, Diecke S, Mukai M, Mah N, Oh SJ, Kurtz A, Schramm C, Schwinge D, Sebode M, Harakalova M, Asselbergs FW, Vink A, de Weger RA, Viswanathan S, Widjaja AA, Gärtner-Rommel A, Milting H, Dos Remedios C, Knosalla C, Mertins P, Landthaler M, Vingron M, Linke WA, Seidman JG, Seidman CE, Rajewsky N, Ohler U, Cook SA, Hubner N*. The Translational Landscape of the Human Heart. Cell (2019) 178(1):242-260.e29. https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.05.010. PMID: 31155234. Featured in Science (2019).
Palomar-Siles M, Heldin A, Zhang M, Strandgren C, Yurevych V, van Dinter JT, Engels SAG, Hofman DA, Öhlin S, Meineke B, Bykov VJN, van Heesch S, Wiman KG. Translational readthrough of nonsense mutant TP53 by mRNA incorporation of 5-Fluorouridine. Cell Death & Disease (2022) Nov 25;13(11):997. doi: https://doi.org/10.1038/s41419-022-05431-2. PMID: 36433934
Schneider-Lunitz V$, Ruiz-Orera J$, Hubner N*, van Heesch S*. Multifunctional RNA-binding proteins influence mRNA abundance and translational efficiency of distinct sets of target genes. PLOS Computational Biology (2021). Dec 8;17(12):e1009658. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009658. PMID: 34879078
Witte F$, Ruiz-orera J$, Mattioli CC, Blachut S, Adami E, Schulz F, Schneider-lunitz V, Hummel O, Patone G, Mücke MB, Šilhavý J, Heinig M, Bottolo L, Sanchis D, Vingron M, Chekulaeva M, Pravenec M, Hubner N*, van Heesch S*. A trans locus causes a ribosomopathy in hypertrophic hearts that affects mRNA translation in a protein length-dependent fashion. Genome Biology (2021). Jun 28;22(1):191. doi: https://doi.org/10.1186/s13059-021-02397-w. PMID: 34183069.
Gaertner B$, van Heesch S$, Schneider-lunitz V, Schulz JF, Witte F, Blachut S, Nguyen S, Wong R, Matta I, Hubner N, Sander M. A human ESC-based screen identifies a role for the translated lncRNA LINC00261 in pancreatic endocrine differentiation. eLife (2020) 9:e58659. doi: https://doi.org/10.7554/eLife.58659. PMID: 32744504.
van Heesch S, van Iterson M, Jacobi J, Boymans S, Essers PB, de Bruijn E, Hao W, MacInnes AW, Cuppen E, Simonis M. Extensive localization of long noncoding RNAs to the cytosol and mono- and polyribosomal complexes. Genome Biology (2014) 15(1):R6. https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-1-r6 PMID: 24393600.
