Bij alle kinderen met kanker wordt een stukje tumorweefsel weggehaald om de diagnose van het precieze soort kanker vast te stellen. Dat stukje weefsel wordt onder de microscoop bekeken, maar ook geanalyseerd voor genetische fouten.
Veranderingen in zowel het DNA als het RNA – een vertaling van de DNA-code – kunnen belangrijke aanwijzingen geven over de precieze kankersoort, de agressiviteit van de tumor, en het mogelijke effect van doelgerichte medicijnen.
Klassieke tests vervangen
Sinds de opening van het Prinses Máxima Centrum wordt bij alle kinderen met kanker in Nederland ál het beschikbare RNA in een stukje tumorweefsel bestudeerd met behulp van zogenoemde ‘RNA-sequencing’ – nu nog naast de traditionele diagnostiek.
Bij sommige kinderen heeft RNA-sequencing al geleid tot een verbeterde diagnose en aangepaste behandeling. Bij een groot aantal kankersoorten heeft het Diagnostisch Lab in het Prinses Máxima Centrum de klassieke tests al vervangen door de brede RNA-analyses. De onderzoekers verwachten dat ze ook voor de overige kankersoorten – met name vormen van leukemie – snel volledig kunnen overstappen.
Fusiegenen
In een nieuwe studie vergeleken wetenschappers van het Prinses Máxima Centrum de effectiviteit van RNA-sequencing met traditionele methoden waarmee je het DNA en RNA gericht doorzoekt voor reeds bekende afwijkingen. De studie is vandaag gepubliceerd in het vakblad JCO Precision Oncology, en werd gefinancierd door NWO, KiKa en de Adessium Foundation.
Het team analyseerde stukjes weefsel van 244 kinderen die tussen eind 2018 en medio 2019 naar het Máxima werden verwezen na een vermoeden van kanker. Hun focus lag op het opsporen van zogenoemde fusiegenen – een soort genetische fout waarbij twee losse genen samen één nieuw, fout gen vormen. Zulke fusiegenen komen bij veel vormen van kanker voor, en maken vaak een verschil voor de behandeling.
Met RNA-sequencing stelde het team in totaal 78 fusiegenen vast. Dat waren er 23 – ofwel 40% – meer dan ze opspoorden met de traditionele technieken. De traditionele methodes vonden de overige 55 fusiegenen wel – maar daarbij werd vaak maar één van de twee genen uit de fusie opgepikt, terwijl informatie van beide genen juist belangrijk kan zijn voor de diagnose of behandeling.
Nauwkeuriger diagnose
Bij bijna een derde van de 23 RNA-sequencing specifieke genfusies leidde de vondst tot een nauwkeurigere diagnose of mogelijke behandeling. Bij één meisje werd de diagnose van de patholoog op basis van RNA-sequencing aangepast tot infantiel fibrosarcoom, een wekedelentumor, met een zogenaamde NTRK fusie. Daardoor kon ze een nieuw doelgericht medicijn krijgen in studieverband.
Ook bij een eenjarig jongetje met een hersentumor werd de diagnose aangepast van glioblastoom naar hemisferisch glioom, een tumor met een minder slechte uitkomst. Toen de standaardbehandeling stopte met werken kreeg hij een precisiemedicijn waarmee hij nog een jaar stabiel bleef.
Voor een derde van de 23 afwijkingen die door traditionele diagnostiek werden ‘gemist’ bestaat (nog) geen specifieke test. Bij de overige gemiste afwijkingen speelden technische redenen een rol – of was de relevante test simpelweg niet aangevraagd omdat die niet relevant leek voor het tumortype.
Aanpassingen in de behandeling
Dr. Bastiaan Tops, hoofd van het Diagnostisch Lab in het Prinses Máxima Centrum en co-leider van de studie, zegt: ‘Eerder werd RNA-sequencing al wel ingezet, maar alleen bij heel zieke kinderen voor wie de bestaande behandeling niet meer werkte. In het Prinses Máxima Centrum hebben we als onderzoeksziekenhuis ingezet op de implementatie van RNA-sequencing in de standaard diagnostiek. Met deze nieuwe studie laten we zien dat dat zijn vruchten afwerpt.
‘Door meteen bij diagnose het hele genetische landschap van de tumor te bekijken, kunnen we mogelijke aanpassingen in de behandeling die daaruit voortkomen direct bespreken met de behandelend arts. Zo bieden we kinderen met kanker de allerbeste kansen, gestoeld op de nieuwste wetenschappelijke inzichten.’
Baat bij nieuwe bevindingen
Dr. Patrick Kemmeren, groepsleider en hoofd van de Big Data Core in het Prinses Máxima Centrum en co-leider van de studie, zegt: ‘In deze studie laten we zien dat één enkele test die het gehele RNA doorzoekt bijna anderhalf keer zo gevoelig is voor genetische fouten bij kinderkanker. Daarmee verwacht ik dat de test die we hebben ontwikkeld binnen afzienbare tijd de verschillende traditionele methodes zal vervangen.
‘In mijn groep doen we veel breder onderzoek naar afwijkingen in DNA en RNA bij kinderkanker. Als we nieuwe afwijkingen ontdekken kunnen die ook meteen meegenomen worden bij nieuwe diagnoses – en zelfs met terugwerkende kracht getest worden bij kinderen die al onder behandeling zijn. Zo hebben kinderen met kanker zo snel mogelijk baat bij nieuwe bevindingen binnen het fundamentele onderzoek.’