Doeleinde voor onderzoek
Beheer van data
Optimaal (her)gebruik van de data die het Máxima genereert wordt mogelijk door FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) implementatie. Dit vereist een gedegen inzet op het gebied van databeheer voor goed 'data lifecycle management'. Het BDC coördineert alle databeheer activiteiten voor het preklinische onderzoeksdomein binnen het Máxima.
Gegevensinfrastructuur
Om het verkennen en delen van gegevens te vergemakkelijken is een data-integratieplatform voor biobanking en data-intensieve onderzoeksprojecten gelanceerd. De belangrijkste kenmerken zijn: een minimaal datamodel, unieke instituutsbrede 'identifiers', een modulaire opzet, FAIR data en 'tooling', protocollen voor datavalidatie en foutafhandeling en een gebruiksvriendelijke selfservice die het opvragen van data door onderzoekers vergemakkelijkt. Een pseudonimiseringslaag scheidt identificeerbare gegevens in het klinische domein van gepseudonimiseerde gegevens in het onderzoeksdomein en maakt tegelijkertijd de vertaling van onderzoeksresultaten naar de kliniek mogelijk.
Biobank bio-informatica
Gestandaardiseerde analyses voor biobank WES, WGS en RNA-sequencing monsters worden verzorgd door het biobank bioinformatica team, inclusief detectie van somatische varianten (SNV's, indels, CNV's en SV's) in tumor- en organoïde monsters. Dit team zet ook de volledige infrastructuur op voor 'high-throughput computing', data- en workflow management voor genetische biobank data en coördineert deze.
Translationele bio-informatica
Voor alle patiënten in het Máxima worden op WES en RNA-sequencing gebaseerde bio-informatische analyses uitgevoerd door het translationele bio-informaticateam, samen met het Laboratorium voor kinderkanker. Door de ontwikkeling van een uniek platform dat diagnostiek en onderzoek met elkaar deelt, kunnen belangrijke bevindingen en technologische verbeteringen worden overgedragen naar de klinische toepassing, wat direct ten goede komt aan de patiëntenzorg.
Services en support
- Coördinatie van beleid, community en training op het gebied van gegevensbeheer bij preklinisch onderzoek
- Coördinatie van grootschalige data-infrastructuurbehoeften
- Leveren van omica-analyses voor biobankmonsters
- Leveren van bioinformatica-analyses van WES- en RNA-seq-gegevens voor diagnostiek
