Deze website maakt gebruik van cookies. We gebruiken cookies om instellingen te onthouden en je bezoek soepeler te laten verlopen. Daarnaast gebruiken we ook cookies voor de verbetering van de website en het verzamelen en analyseren van statistieken. Lees meer over cookies

Big Data Core

Biomedisch onderzoek is snel uitgegroeid tot een data-intensief onderzoeksveld. Het in kaart brengen van volledige kankergenomen heeft een schat aan informatie opgeleverd en biedt volop kansen voor onderzoek en zorg. Instituutbrede coördinatie op het gebied van gegevensbeheer en data- en computerinfrastructuren is van cruciaal belang om deze gegevens optimaal te gebruiken voor onderzoek naar kinderkanker en te kunnen gebruiken in de zorg. De Big Data Core, onderdeel van de Kemmeren groep, consolideert deze activiteiten en verzorgt de bioinformatica analyses voor de Máxima biobank en diagnostisch lab.

Wij bieden

Data stewardship

De data-intensieve activiteiten binnen het Máxima vereisen ook een stevige commitment op het gebied van data stewardship. De Big Data Core coördineert alle data stewardshipactiviteiten voor het preklinische onderzoeksdomein binnen het Máxima. Deze omvatten het verstrekken van datamanagementplannen (DMP's) voor onderzoeksprojecten, advies over de conformiteit van Máxima-gegevensverzamelingen met betrekking tot research datamanagement (RDM) beleid, afstemming van DMP's met FAIR (vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar) dataprincipes, bewustwording voor RDM en afstemming met andere instituten.


Data infrastructuur

In samenwerking met en ondersteuning van IDT is het "research data integratieplatform" opgezet om onderzoeksdatastructuren te harmoniseren en onderzoeksdata te delen die gebruikt kunnen worden door alle data-intensieve onderzoeken binnen het Máxima. Er zijn een aantal cruciale componenten binnen deze infrastructuur die essentieel zijn voor biobanken en data-intensieve onderzoeksprojecten: unieke patiënt- en monsteridentificaties tussen verschillende databronnen, FAIR databronnen en tooling, gestandaardiseerde API's voor modulaire uitbreiding van het platform en automatisering. Het platform heeft ook een duidelijke scheiding tussen het klinische en het onderzoeksdomein via een pseudonimiseringslaag, waardoor verschillen in ontwikkelingssnelheid in onderzoek versus gezondheidszorg worden vergemakkelijkt. Dit zorgt voor meer flexibiliteit in onderzoek, terwijl het tegelijkertijd de vertaling van onderzoeksresultaten naar de kliniek vergemakkelijkt.

Biobank bioinformatica

Het biobank bioinformatica team verzorgt gestandaardiseerde analyses voor biobank WES, WGS en RNA-seq. De activiteiten omvatten niet alleen het leveren van gestandaardiseerde analyses voor het detecteren van somatische varianten (SNV's, indels, CNV's en SV's) in tumormateriaal en organoïden, maar omvatten ook het opzetten en coördineren van de volledige infrastructuur voor gegevensbeheer, high-throughput computing en workflowbeheer voor cancer genomics.


Translationele bioinformatica

Samen met Dr. Tops, hoofd van het diagnostisch laboratorium, is het translationele bioinformatica team verantwoordelijk voor het leveren van gestandaardiseerde bioinformatica analyses in een diagnostische setting. Door dezelfde infrastructuurcomponenten te gebruiken als het biobank bioinformatica team, hebben we een uniek platform ontwikkeld dat wordt gedeeld tussen diagnostiek en onderzoek, waardoor we belangrijke bevindingen en technologische verbeteringen snel kunnen vertalen van onderzoek naar diagnostische en klinische toepassingen, waardoor de patiëntenzorg er direct van profiteert. We bieden WES- en RNA-sequencing gebaseerde diagnostiek voor alle patiënten binnen het Máxima.

Personeel
Coördinatie & data stewardship
Patrick Kemmeren, Principal Investigator & hoofd Big Data Core
Jet Zoon, data steward research

Translationele Bioinformatica team

Jayne Hehir - Kwa, Co PI & teamleider
Eugène Verwiel, bioinformaticus
Douwe van der Leest, bioinformaticus

Biobank Bioinformatica team

Hinri Kerstens, senior post-doc & teamleider
Shashi Badloe, bioinformaticus
Alex Janse, bioinformaticus

Data science & bioinformatica

John Baker-Hernandez, bioinformaticus

Contact

Patrick Kemmeren



Big Data Core