Wij bieden
Data stewardship
De data-intensieve activiteiten binnen het Máxima vereisen ook een stevige commitment op het gebied van data stewardship. De Big Data Core coördineert alle data stewardshipactiviteiten voor het preklinische onderzoeksdomein binnen het Máxima. Deze omvatten het verstrekken van datamanagementplannen (DMP's) voor onderzoeksprojecten, advies over de conformiteit van Máxima-gegevensverzamelingen met betrekking tot research datamanagement (RDM) beleid, afstemming van DMP's met FAIR (vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar) dataprincipes, bewustwording voor RDM en afstemming met andere instituten.
Data infrastructuur
In samenwerking met en ondersteuning van IDT is het "research data integratieplatform" opgezet om onderzoeksdatastructuren te harmoniseren en onderzoeksdata te delen die gebruikt kunnen worden door alle data-intensieve onderzoeken binnen het Máxima. Er zijn een aantal cruciale componenten binnen deze infrastructuur die essentieel zijn voor biobanken en data-intensieve onderzoeksprojecten: unieke patiënt- en monsteridentificaties tussen verschillende databronnen, FAIR databronnen en tooling, gestandaardiseerde API's voor modulaire uitbreiding van het platform en automatisering. Het platform heeft ook een duidelijke scheiding tussen het klinische en het onderzoeksdomein via een pseudonimiseringslaag, waardoor verschillen in ontwikkelingssnelheid in onderzoek versus gezondheidszorg worden vergemakkelijkt. Dit zorgt voor meer flexibiliteit in onderzoek, terwijl het tegelijkertijd de vertaling van onderzoeksresultaten naar de kliniek vergemakkelijkt.
Biobank bioinformatica
Het biobank bioinformatica team verzorgt gestandaardiseerde analyses voor biobank WES, WGS en RNA-seq. De activiteiten omvatten niet alleen het leveren van gestandaardiseerde analyses voor het detecteren van somatische varianten (SNV's, indels, CNV's en SV's) in tumormateriaal en organoïden, maar omvatten ook het opzetten en coördineren van de volledige infrastructuur voor gegevensbeheer, high-throughput computing en workflowbeheer voor cancer genomics.
Translationele bioinformatica
Samen met Dr. Tops, hoofd van het diagnostisch laboratorium, is het translationele bioinformatica team verantwoordelijk voor het leveren van gestandaardiseerde bioinformatica analyses in een diagnostische setting. Door dezelfde infrastructuurcomponenten te gebruiken als het biobank bioinformatica team, hebben we een uniek platform ontwikkeld dat wordt gedeeld tussen diagnostiek en onderzoek, waardoor we belangrijke bevindingen en technologische verbeteringen snel kunnen vertalen van onderzoek naar diagnostische en klinische toepassingen, waardoor de patiëntenzorg er direct van profiteert. We bieden WES- en RNA-sequencing gebaseerde diagnostiek voor alle patiënten binnen het Máxima.
