Bio-informatica gaat over het analyseren van gegevens uit tumormateriaal. Afwijkingen in tumorweefsel leveren informatie over welke processen in de cel actief zijn en hoe de tumor deze beïnvloedt. Zo kun je aangrijpingspunten vinden voor het gebruik van gerichte medicijnen. Patrick: ‘Om stappen te kunnen zetten in onderzoek, diagnose en behandeling van kinderkanker, is slim omgaan met grote hoeveelheden data een absolute must.’
Van data naar kennis
Het Prinses Máxima Centrum heeft een schat aan informatie beschikbaar in de vorm van tumorweefsel in de biobank. En we hebben veel gegevens over diagnoses, behandelingen en de uitkomsten daarvan. Patrick: ‘Als we al deze data op een zinvolle manier gebruiken – dus de cruciale stap zetten van data naar kennis – komen we meer te weten over ontstaan en beloop van verschillende vormen van kinderkanker. Het idee is dat je zo uiteindelijk een veel gerichtere therapie kunt inzetten, die specifiek aangrijpt op bepaalde afwijkingen.’
Faciliterende rol
Om het beheer en gebruik van alle data goed te organiseren, is de Big Data Core (BDC) opgericht. Patrick: ‘Het werken met data past heel erg bij de ambitie van het Máxima om een pioniersrol te vervullen.’ Naast de inspanningen op het gebied van IT-capaciteit – zowel wat betreft benodigde rekenkracht als opslag van data – gaat de BDC ook een faciliterende rol spelen voor Research en Zorg. Een van die rollen is het zogeheten datastewardship. Voordat gegevens op een zinvolle manier zijn opgeslagen én toegankelijk zijn volgens de FAIR-principes (vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar), is er veel mensenwerk nodig. Data moeten worden verzameld, onderhouden, verwerkt, gedeeld, gekoppeld, enzovoort. Een datasteward zorgt ervoor dat dit allemaal goed verloopt, legt Patrick uit.
Data gericht aanleveren
De ondersteunende rol van de BDC gaat twee kanten uit, vervolgt hij. ‘Onderzoeksgroepen die met data willen werken, bijvoorbeeld vanuit de biobank, kunnen die opvragen en wij leveren er dan meteen de data-analyses bij. Dit kan met name het preklinische onderzoek enorm versnellen. Maar het werkt ook richting Zorg. Informatie over DNA-afwijkingen in het tumor-DNA kunnen door ons gericht worden aangeleverd aan het diagnostisch lab. Met analyses op de primaire data maken we een lijst van potentiële afwijkingen. Die informatie kan in een tumorboard-meeting vervolgens worden doorvertaald naar een zo precies mogelijk behandelvoorstel.’
Steeds sneller rekenen
Het woord ‘big’, besluit Patrick, kun je gerust heel letterlijk nemen. Het gaat om grote computers, een enorme opslagcapaciteit en het verwerken van onvoorstelbare hoeveelheden gegevens. ‘We stellen de mensen van IDT voortdurend voor grote uitdagingen, want we moeten steeds sneller kunnen rekenen om de alsmaar groeiende hoeveelheid data op een zinvolle manier te analyseren. Maar hoe beter we dat kunnen doen, des te groter de kans om doorbraken te vinden in diagnose en behandeling van kinderkanker.’
Meer informatie
Lees meer over de Big Data Core. Binnen de Kemmeren-groep is er een unieke combinatie van kennis op het gebied van bio-informatica, genetica en big data, plus uitgebreide ervaring met het opzetten en coördineren van bio-informatica-infrastructuren, zoals een grootschalig rekencluster, workflow-managementsystemen en datamanagementfaciliteiten. Patrick is onlangs ook geïnterviewd door KiKa.