Single Cell Genomics

Overzicht apparatuur

Momenteel is de faciliteit uitgerust met de volgende instrumenten:

10x Genomics Chromium X - Geavanceerd microfluïdisch systeem welke individuele cellen kan opdelen en kan voorzien van barcodes voor single-cell RNA-seq en multiomics.
Mission Bio Tapestri platform - Geavanceerd microfluïdisch systeem voor single-cell gerichte DNA-seq en gelijktijdige detectie van analyten, waaronder SNVs, CNVs en eiwitten.
SPTLabtech Mosquito Genomics nanodispenser - Precieze multichannel-pipettering van 25 nL tot 1,2 μL in platen.
Perkin Elmer LabChip GX Touch HT nucleic acid analyzer - Geautomatiseerde capillaire elektroforese scheiding van DNA en RNA voor hoge-resolutie kwantificatie.
CellDrop fluorescent cell counter - Nauwkeurige celteller op basis van fluorescentie voor het tellen van zowel levende als dode cellen.

'Single-cell sequencing technologieën geven zeer gedetailleerde inzichten in cellulaire processen.' Dr. Thanasis Margaritis - Team leader

Thanasis Margaritis is single-cell bioloog en teamleider van de Single-Cell Genomics faciliteit. Met deze faciliteit biedt hij state-of-the-art single-cell technologische ondersteuning aan meer dan 70 onderzoekers binnen het Prinses Máxima Centrum. Margaritis heeft meer dan twintig jaar ervaring in functionele genomics, inclusief zeven jaar ervaring met single-cell technologie. Deze expertise komt goed van pas in de onderzoeksfocus van het Prinses Máxima Centrum, namelijk om kinderkanker beter te begrijpen en behandelingen te identificeren. Margaritis behaalde een Bachelor in Farmacie, een Master in Moleculaire Biologie en biotechnologie, en een doctoraat in Genexpressie en Transcriptionele Regulatie. Hij is lid van het single cell network Netherlands (scNL) management team.

Netwerk

De mederwerkers van de faciliteit zijn lid van het single cell network Nederland (scNL). Dit netwerk brengt onderzoekers samen die geïnteresseerd zijn in experimentele en computationele single-cell methoden, en in hun toepassing om biologische en klinische vragen te beantwoorden.

Contact

Deze faciliteit wordt mede mogelijk gemaakt door financiering van KiKa.

Phone -

Email scgenomics@prinsesmaximacentrum.nl

Key publications

2024

Kluiver TA, Lu Y, Schubert SA, Kraaier LJ, Ringnalda F, Lijnzaad P, DeMartino J, Megchelenbrink WL, Amo-Addae V, Eising S, de Faria FW, Münter DJ, van de Wetering M, Kerl K, Duiker E, van den Heuvel M, de Meijer VE, de Kleine RH, de Krijger RR, Molenaar JJ, Margaritis T, Stunnenberg H, Zsiros J, Clevers H, Peng WC. (2023) Multi-dimensional profiling of hepatoblastomas and patient-derived tumor organoids uncovers tumor subpopulations with divergent WNT activation profiles and identifies pan-hepatoblastoma drug sensitivities. - bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.08.28.554783

Ganpat MMP, Morales-Rodriguez F, Pham N, Lijnzaad P, de Souza T, Derakshan S, Fumagalli A, Zeller P, Balwierz A, Ayyildiz D, van den Heuvel-Eibrink MM, de Krijger RR, Oudenaarden A, Margaritis T, Chuva de Sousa Lopes SM, Drost J. (2024) An engineered tumor organoid model reveals cellular identity and signaling trajectories underlying translocation RCC. - bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.09.01.554626

Hendriks D, Pagliaro A, Andreatta F, Ma Z, van Giessen J, Massalini S, López-Iglesias C, van Son GJF, DeMartino J, Damen JMA, Zoutendijk I, Staliarova N, Bredenoord AL, Holstege FCP, Peters PJ, Margaritis T, Chuva de Sousa Lopes S, Wu W, Clevers H, Artegiani B. (2024) Human fetal brain self-organizes into long-term expanding organoids. Cell. S0092-8674(23)01344-2. https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.12.012. PMID: 38194967

Wienke J, Visser LL, Kholosy WM, Keller KM, Barisa M, Munnings-Tomes S, Carlton E, Poon E, Rodriguez A, Bernardi R, Van den Ham F, Van Hooff SR, Matser YAH, Tas M, Langenberg KPS, Lijnzaad P, Strijker JGM, Sanchez-Bernabeu A, Cornel AM, Holstege FCP, Gray JC, Tytgat LAM, De Krijger R, Scheijde-Vermeulen MA, Wijnen MHWA, Dierselhuis MP, Straathof K, Behjati S, Wu W, Heck AJR, Koster J, Nierkens S, Chesler L, Anderson J, Caron HN, Margaritis T, Van Noesel MM, Molenaar JJ. (2024) Integrative analysis of neuroblastoma by single‐cell RNA sequencing identifies the NECTIN2‐TIGIT axis as a target for immunotherapy. Cancer Cell. S1535-6108(23)00436-1. https://doi.org/X 10.1016/j.ccell.2023.12.008. PMID:38181797

2023

Liu NQ, Paassen I, Custers L, Zeller P, Teunissen H, Ayyildiz D, He J, Buhl JL, Hoving EW, van Oudenaarden A, de Wit E, Drost J. (2023) SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors. Nat Commun. 14(1):7762. https://doi.org/10.1038/s41467-023-43498-3. PMID:38040699

Lin L, DeMartino J, Wang D, van Son GJF, van der Linden R, Begthel H, Korving J, Andersson-Rolf A, van den Brink S, Lopez-Iglesias C, van de Wetering WJ, Balwierz A, Margaritis T, van de Wetering M, Peters PJ, Drost J, van Es JH, Clevers H. (2023) Unbiased transcription factor CRISPR screen identifies ZNF800 as master repressor of enteroendocrine differentiation. Science. 382(6669):451-458. https://doi.org/10.1126/science.adi2246. PMID:37883554

Visser LL, Bleijs M, Margaritis T, van de Wetering M, Holstege FCP, Clevers H. (2023) Ewing Sarcoma Single-cell Transcriptome Analysis Reveals Functionally Impaired Antigen-presenting Cells. Cancer Res Commun. 3(10):2158-2169. https://doi.org/10.1158/2767-9764.CRC-23-0027. PMID:37823774

DeMartino J*, Meister MT*, Visser LL*, Brok M, Groot Koerkamp MJA, Hiemcke-Jiwa LS, de Souza T, Merks J, Holstege FCP, Margaritis T*, Drost J*. (2023) Single-cell transcriptomics reveals immune suppression and cell states predictive of patient outcomes in rhabdomyosarcoma. Nat Commun. (in press)

Tomasso T, Koopmans T, Lijnzaad P, Bartscherer K, Seifert AW. (2023) An ERK-dependent molecular switch antagonizes fibrosis and promotes regeneration in spiny mice (Acomys). Sci Adv. 28, 9. https://doi.org/10.1126/sciadv.adf2331 PMID:37126559

Dekkers JF, Alieva M, Cleven A, Keramati F, Wezenaar AKL, van Vliet EJ, Puschhof J, Brazda P, Johanna I, Meringa AD, Rebel HG, Buchholz MB, Barrera Román M, Zeeman AL, de Blank S, Fasci D, Geurts MH, Cornel AM, Driehuis E, Millen R, Straetemans T, Nicolasen MJT, Aarts-Riemens T, Ariese HCR, Johnson HR, van Ineveld RL, Karaiskaki F, Kopper O, Bar-Ephraim YE, Kretzschmar K, Eggermont AMM, Nierkens S, Wehrens EJ, Stunnenberg HG, Clevers H, Kuball J, Sebestyen Z, Rios AC., (2023) Uncovering the mode of action of engineered T cells in patient cancer organoids. Nature Biotechnology. 41, 60-69. https://doi.org/ 10.1038/s41587-022-01397-w PMID:35879361

Candelli, T., Schneider, P., Garrido Castro, P., Jones, L.A., Bodewes, E., Rockx-Brouwer, D., Pieters, R., Holstege, F.C.P.*, Margaritis, T.*, Stam, R.W.*, (2022). Identification and characterization of relapse-initiating cells in MLL-rearranged infant ALL by single-cell transcriptomics. Leukemia 36, 58–67. https://doi.org/10.1038/s41375-021-01341-y PMID:34304246

Hehir-Kwa JY, Koudijs MJ, Verwiel ETP, Kester LA, van Tuil M, Strengman E, Buijs A, Kranendonk MEG, Hiemcke-Jiwa LS, de Haas V, van de Geer E, de Leng W, van der Lugt J, Lijnzaad P, Holstege FCP, Kemmeren P, Tops BJB. (2023). Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing. JCO Precic Oncol 6:e2000504. https://doi.org/ 10.1200/PO.20.00504 PMID:35085008

2022

He GW, Lin L, DeMartino J, Zheng X, Staliarova N, Dayton T, Begthel H, van de Wetering WJ, Bodewes E, van Zon J, Tans S, Lopez-Iglesias C, Peters PJ, Wu W, Kotlarz D, Klein C, Margaritis T, Holstege F, Clevers H., (2022) Optimized human intestinal organoid model reveals interleukin-22-dependency of paneth cell formation. Cell Stem Cell. 29, 1333-1345.e6. https://doi.org/10.1016/j.stem.2022.08.002 PMID:36002022

de Kanter JK, Margaritis T, Beishuizen A, Scheijde-Vermeulen M, Westera L, Brandsma AM, van Boxtel R, Meyer-Wentrup F. (2022) Abstract A37: Single-cell RNA sequencing reveals that childhood classical Hodgkin Lymphoma resembles normal inflammation except for T cell exhaustion. Blood Cancer Discovery. https://doi.org/10.1158/2643-3249.LYMPHOMA22-A37

Morris, V., Wang, D., Li, Z., Marion, W., Hughes, T., Sousa, P., Harada, T., Sui, S.H., Naumenko, S., Kalfon, J., Sensharma, P., Falchetti, M., Vinicius da Silva, R., Candelli, T., Schneider, P., Margaritis, T., Holstege, F.C.P., Pikman, Y., Harris, M., Stam, R.W., Orkin, S.H., Koehler, A.N., Shalek, A.K., North, T.E., Pimkin, M., Daley, G.Q., Lummertz da Rocha, E., Rowe, R.G., (2022). Hypoxic, glycolytic metabolism is a vulnerability of B-acute lymphoblastic leukemia-initiating cells. Cell Reports. 39, 110752. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.110752 PMID: 35476984

Wienke J, Visser LL, Kholosy WM, Keller KM, Barisa M, Munnings-Tomes S, Carlton E, Poon E, Rodriguez A, Bernardi R, Van den Ham F, Van Hooff SR, Matser YAH, Tas M, Langenberg KPS, Lijnzaad P, Strijker JGM, Sanchez-Bernabeu A, Cornel AM, Holstege FCP, Gray JC, Tytgat LAM, De Krijger R, Scheijde-Vermeulen MA, Wijnen MHWA, Dierselhuis MP, Straathof K, Behjati S, Wu W, Heck AJR, Koster J, Nierkens S, Chesler L, Anderson J, Caron HN, Margaritis T, Van Noesel MM, Molenaar JJ. (2022) Integrative analysis of neuroblastoma by single‐cell RNA sequencing identifies the NECTIN2‐TIGIT axis as a target for immunotherapy. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2022.07.15.499859

2021

Hanemaaijer, E.S.*, Margaritis, T.*, Sanders, K., Bos, F.L., Candelli, T., Al-Saati, H., van Noesel, M.M., Meyer-Wentrup, F.A.G., van de Wetering, M., Holstege, F.C.P., Clevers, H., (2021). Single-cell atlas of developing murine adrenal gland reveals relation of Schwann cell precursor signature to neuroblastoma phenotype. Proc Natl Acad Sci USA. 118, e2022350118. https://doi.org/10.1073/pnas.2022350118 PMID: 33500353

van Ineveld, R.L.*, Margaritis, T.*, Kooiman, B.A.P., Groenveld, F., Ariese, H.C.R., Lijnzaad, P., Johnson, H.R., Korving, J., Wehrens, E.J., Holstege, F., van Rheenen, J., Drost, J., Rios, A.C., Bos, F.L., (2021). LGR6 marks nephron progenitor cells. Dev Dyn. 250, 1568–1583. https://doi.org/10.1002/dvdy.346 PMID: 33848015

Kildisiute, G., Kholosy, W.M., Young, M.D., Roberts, K., Elmentaite, R., Hooff, S.R. van, Pacyna, C.N., Khabirova, E., Piapi, A., Thevanesan, C., Bugallo-Blanco, E., Burke, C., Mamanova, L., Keller, K.M., Langenberg-Ververgaert, K.P.S., Lijnzaad, P., Margaritis, T., Holstege, F.C.P., Tas, M.L., Wijnen, M.H.W.A., Noesel, M.M. van, Valle, I. del, Barone, G., Linden, R. van der, Duncan, C., Anderson, J., Achermann, J.C., Haniffa, M., Teichmann, S.A., Rampling, D., Sebire, N.J., He, X., Krijger, R.R. de, Barker, R.A., Meyer, K.B., Bayraktar, O., Straathof, K., Molenaar, J.J., Behjati, S., (2021). Tumor to normal single-cell mRNA comparisons reveal a pan-neuroblastoma cancer cell. Science Advances. 7, eabd3311. https://doi.org/10.1126/sciadv.abd3311 PMID: 33547074

Young, M.D., Mitchell, T.J., Custers, L., Margaritis, T., Morales-Rodriguez, F., Kwakwa, K., Khabirova, E., Kildisiute, G., Oliver, T.R.W., de Krijger, R.R., van den Heuvel-Eibrink, M.M., Comitani, F., Piapi, A., Bugallo-Blanco, E., Thevanesan, C., Burke, C., Prigmore, E., Ambridge, K., Roberts, K., Braga, F.A.V., Coorens, T.H.H., Del Valle, I., Wilbrey-Clark, A., Mamanova, L., Stewart, G.D., Gnanapragasam, V.J., Rampling, D., Sebire, N., Coleman, N., Hook, L., Warren, A., Haniffa, M., Kool, M., Pfister, S.M., Achermann, J.C., He, X., Barker, R.A., Shlien, A., Bayraktar, O.A., Teichmann, S.A., Holstege, F.C., Meyer, K.B., Drost, J., Straathof, K., Behjati, S., (2021). Single cell derived mRNA signals across human kidney tumors. Nat Commun. 12, 3896. https://doi.org/10.1038/s41467-021-23949-5 PMID: 34162837

2020

Calandrini C, Schutgens F, Oka R, Margaritis T, Candelli T, Mathijsen L, Ammerlaan C, van Ineveld RL, Derakhshan S, de Haan S, Dolman E, Lijnzaad P, Custers L, Begthel H, Kerstens HHD, Visser LL, Rookmaaker M, Verhaar M, Tytgat GAM, Kemmeren P, de Krijger RR, Al-Saadi R, Pritchard-Jones K, Kool M, Rios AC, van den Heuvel-Eibrink MM, Molenaar JJ, van Boxtel R, Holstege FCP, Clevers H, Drost J. An organoid biobank for childhood kidney cancers that captures disease and tissue heterogeneity. (2020) Nature Communications. 11;11(1):1310. PMID: 32161258

2019

De Kanter JK, Lijnzaad P, Candelli T, Margaritis T, Holstege FCP. CHETAH: a selective, hierarchical cell type identification method for single-cell RNA sequencing. (2019) Nucleic Acids Research. 47(16):e95. PMID: 31226206

Schutgens F, Rookmaaker MB, Margaritis T, Rios A, Ammerlaan C, Jansen J, Gijzen L, Vormann M, Vonk A, Viveen M, Yengej FY, Derakhshan S, de Winter-de Groot KM, Artegiani B, van Boxtel R, Cuppen E, Hendrickx APA, van den Heuvel-Eibrink MM, Heitzer E, Lanz H, Beekman J, Murk JL, Masereeuw R, Holstege F, Drost J, Verhaar MC, Clevers H. Tubuloids derived from human adult kidney and urine for personalized disease modeling. (2019) Nature Biotechnology. 37(3):303-313. PMID: 30833775

2018

Candelli T, Lijnzaad P, Muraro MJ, van Oudenaarden A, Margaritis T, Holstege F. Sharq, a Versatile Preprocessing and QC Pipeline for Single Cell RNA-Seq. (2018) BioRxiv. https://doi.org/10.1101/250811

Doeleinde voor onderzoek

Services en support

Overzicht apparatuur

Netwerk

Contact

Single Cell Genomics