Deze website maakt gebruik van cookies. We gebruiken cookies om instellingen te onthouden en je bezoek soepeler te laten verlopen. Daarnaast gebruiken we ook cookies voor de verbetering van de website en het verzamelen en analyseren van statistieken. Lees meer over cookies

Single Cell Genomics

Single-cell sequencing technologieën geven zeer gedetailleerde inzichten in cellulaire processen. Zij ondervangen de tekortkomingen van bulk sequencing en maken identificatie van individuele celtypes en hun dynamische toestand mogelijk. De Máxima Single-Cell Genomics faciliteit maakt deze technologieën beschikbaar om kindertumoren te bestuderen. 

Doeleinde voor onderzoek

Kankercellen staan niet op zichzelf, maar zijn ingebed in een netwerk van gezonde 'buren'. Zo kunnen bijvoorbeeld bloedvaten en zogenaamde stromale cellen de ziekte ondersteunen door efficiënte levering van voedingsstoffen en cel-cel communicatie, terwijl immuuncellen de kwaadaardige cellen juist kunnen vernietigen. Anderzijds geven zieke cellen signalen af aan hun omgeving om hun eigen overleving te bevorderen. De heterogeniteit van kankercellen maakt dat sommige cellen beter in staat zijn om te overleven onder stressvolle omstandigheden, zoals gebrek aan voedingsstoffen, aanvallen door het immuunsysteem, of blootstelling aan chemotherapie. Daarnaast kunnen immuuncellen klaar zijn om de ziekte te bestrijden of juist uitgeput zijn. Bulk RNA-sequencing middelt deze complexe signalen uit waardoor de heterogeniteit en de wisselwerking tussen cellen niet meer zichtbaar zijn.

Recente technologische ontwikkelingen hebben het mogelijk gemaakt om met single-cell sequencing de activiteit van duizenden cellen individueel te meten. Hierdoor kunnen nu verschillende onontgonnen aspecten van kankerbiologie worden onderzocht, zoals tumorheterogeniteit, klonaliteit, communicatie tussen niche- en kankercel, en diepgaande karakterisering van het immuun micromilieu. Bovendien kunnen naast mRNA-expressie meerdere variabelen simultaan worden gemeten, zoals chromatine-toegankelijkheid, expressie van oppervlakte-eiwitten, en T- of B-cel receptor clonotypen en hun expressie. Al deze toepassingen leiden tot nieuwe inzichten in kankerbiologie, tumorsamenstelling, en behandeling.

Services en support

De Single-Cell Genomics faciliteit maakt single-cell technologieën beschikbaar voor onderzoekers van het Prinses Máxima Centrum. Met het meest gebruikte platform, 10x Genomics, wordt geholpen data voor het bestuderen van kinderkanker te verkrijgen.

De faciliteit biedt ondersteuning bij het doen van single-cell experimenten. Dit omvat:

  • Advies over experimenteel ontwerp, het kiezen van de juiste techniek en het optimaliseren van de monstervoorbereiding.
  • Voorbereiding van libraries en sequencing.
  • Dataverwerking, inclusief kwaliteitsraportages.
  • Expertise in single-cel data analyse en interpretatie.
Overzicht apparatuur

Momenteel is de faciliteit uitgerust met de volgende instrumenten:

  • 10x Genomics Chromium Controller - Geavanceerd microfluïdisch systeem welke individuele cellen kan opdelen en kan voorzien van barcodes voor single-cell RNA-seq en multiomics.
  • Mission Bio Tapestri platform - Geavanceerd microfluïdisch systeem voor single-cell gerichte DNA-seq en gelijktijdige detectie van analyten, waaronder SNVs, CNVs en eiwitten.
  • SPTLabtech Mosquito Genomics nanodispenser - Precieze multichannel-pipettering van 25 nL tot 1,2 μL in platen.
  • Perkin Elmer LabChip GX Touch HT nucleic acid analyzer - Geautomatiseerde capillaire elektroforese scheiding van DNA en RNA voor hoge-resolutie kwantificatie.
  • CellDrop fluorescent cell counter - Nauwkeurige celteller op basis van fluorescentie voor het tellen van zowel levende als dode cellen.
'Single-cell sequencing technologieën geven zeer gedetailleerde inzichten in cellulaire processen.' Dr. Thanasis Margaritis - Team leader
Dr. Thanasis Margaritis

 

 

Thanasis Margaritis is single-cell bioloog en teamleider van de Single-Cell Genomics faciliteit. Met deze faciliteit biedt hij state-of-the-art single-cell technologische ondersteuning aan meer dan 70 onderzoekers binnen het Prinses Máxima Centrum. Margaritis heeft meer dan twintig jaar ervaring in functionele genomics, inclusief zeven jaar ervaring met single-cell technologie. Deze expertise komt goed van pas in de onderzoeksfocus van het Prinses Máxima Centrum, namelijk om kinderkanker beter te begrijpen en behandelingen te identificeren. Margaritis behaalde een Bachelor in Farmacie, een Master in Moleculaire Biologie en biotechnologie, en een doctoraat in Genexpressie en Transcriptionele Regulatie. Hij is lid van het single cell network Netherlands (scNL) management team. 

Netwerk  

De mederwerkers van de faciliteit zijn lid van het single cell network Nederland (scNL). Dit netwerk brengt onderzoekers samen die geïnteresseerd zijn in experimentele en computationele single-cell methoden, en in hun toepassing om biologische en klinische vragen te beantwoorden.

Contact

Deze faciliteit wordt mede mogelijk gemaakt door financiering van KiKa.

 






Single Cell Genomics